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功能性胃腸疾病主要需與器質性疾病，特別是胃腸道腫瘤進行鑒別，如不明原因的消瘦、體重減輕、極度乏力、腹痛，不明原因的貧血、便血、嘔血或不明原因的發燒、長期低熱等，均需引起警惕，特別是年齡40歲以上的患者，需注意胃腸道腫瘤或其它部位腫瘤，要進一步完善相關檢查。 建議患者到醫院就診，行血尿便常規、生化檢查、消化道腫瘤標志物、影像學檢查、內窺鏡檢查，甚至病理學檢查，鑒別屬于器質性疾病還是功能性疾病。器質性疾病屬于哪一類型疾病，是消化性潰瘍、腫瘤、慢性肝病、慢性膽囊炎或慢性胰腺炎等引起的繼發性消化不良或腸道功能紊亂等疾病。