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兒童急性呼吸道感染的病原體很多，如病毒、細菌、非典型菌、支原體、衣原體。大多數兒童呼吸道感染主要是由病毒感染引起。病毒感染占呼吸道感染的70%-90%，感染比例不一樣。兒童常見的呼吸道病毒是呼吸道合胞病毒、腺病毒、冠狀病毒、鼻病毒、季節性流感病毒、副流感病毒等，腸道病毒也會引起呼吸道感染。 細菌最常見的是鏈球菌、肺內球菌、溶血性鏈球菌、卡他莫拉菌、金黃色葡萄球菌，這些細菌是兒童呼吸道感染的常見病原體。不同年齡的病原體不一樣，小嬰兒往往革蘭陰性菌比較多，大的兒童陽性菌比較多。很多病毒都有季節性，冬季流感病毒比較多，小嬰兒秋冬季節感染合胞病毒較多，學齡兒童感染支原體比較多見。