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通過MRI可以區分腦皮層和腦白質，位于大腦表面的在T1加權像信號偏高，T2加權像信號偏低的是腦皮層。位于大腦內部的在T2加權像信號偏低面積較大的是腦白質。疾病發生的位置不同，則臨床表現和治療措施不同。發生在腦皮層的疾病如膠質瘤，癥狀表現為癲癇或意識問題如計算能力下降。發生在腦白質的疾病如白質髓鞘脫失、炎性脫髓鞘、轉移瘤等。