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鹽酸萬古霉素主要具有抗菌作用，萬古霉素屬于糖肽類抗生素，對革蘭氏陽性菌具有強大的抗菌作用，通常用于耐藥菌的感染性疾病，主要用于耐藥的革蘭氏陽性菌，比如對耐甲氧西林的金黃色葡萄球菌，具有很好的抗菌作用。萬古霉素的抗菌機制主要是通過抑制細菌細胞壁的合成，從而發揮抗菌作用，還能改變細菌細胞膜的通透性，同時也能影響病原菌RNA的合成，起到抗菌作用。鹽酸萬古霉素主要用于感染性疾病的治療，比如可以用于骨關節炎的治療，用于菌血癥、肺炎，還可以用于其他部位的感染，主要用于革蘭氏陽性菌的感染。另外，萬古霉素口服也可以用于難辨梭菌所導致的偽膜性腸炎。