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胃間質瘤患者預后相對較好，尤其最近20年靶向治療的引入，使胃間質瘤的治療效果得到根本性改變，胃間質瘤對放療、化療不敏感，治療通常以手術為主，不能根治性手術者，通過靶向治療同樣可以得到較好預后，較長的生存時間。但靶向治療與基因類型存在密切關系，80%左右基因突變類型治療有效，少部分患者基因突變類型對靶向治療藥物耐藥，尤其部分野生型患者對靶向治療效果較差甚至無效，預后相對較差。