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新生兒甲低的發病率，包括散發性和地方性。地方性甲低因地方缺碘引起，目前普遍排查或運用加碘鹽后已減少。散發性甲低較常見，全國平均發病率為1/4000-1/5000，占新生兒甲的低70%-85%率。深圳方面資料顯示2005-2007年，通過對190230例新生兒追查，發現確診病例是97例，發病率接近0.05%。對于臨床上的疑似病例，建議按醫囑預防、治療及復查，錯過治療時機會可引起矮小癥、呆小癥，影響智力、身高等，且都不可逆。