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兒童手足口病的診斷，臨床主要通過以下幾個方面確診：1、臨床癥狀：通常手足口病的兒童，會出現發熱，通常是高熱，39℃左右的發熱。同時伴隨有食欲的下降、乏力、精神會發蔫、不愛玩耍等。另外，兒童會出現口腔、身體、手足的癥狀，即在手心、腳心、臀部，會出現皰疹樣的皮疹，身體上有時候也會出現一些斑丘疹。軀干的皮膚上最典型的是在口腔的咽峽部出現皰疹，所以兒童會出現吞咽非常困難，進食、進水都非常疼痛，繼而導致食欲明顯受到影響。2、咽拭子來檢測：也可以通過咽拭子來檢測，引起手足口病的病毒核酸的檢測，如果是陽性，通常提示兒童有手足口病；3、大便培養：也可以通過大便的培養，來檢查是否存在柯薩奇病毒，或者是EV71腸道病毒的陽性，如果培養到了這個病毒，就可以確診。