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通過免疫組化可得到較多信息，比如發現頸部淋巴結轉移癌，評估病變來源及具體類型；還可通過免疫組化進行精確診斷。部分癌變會有轉移灶，通過影像學檢查無法知道其具體類型，此時可通過免疫組化證實。比如比較常見的肺癌，有小細胞癌和非小細胞癌等類型。 病變在分化得好的情況下，可以直接通過HE染色證實。但是如果分化差，鱗癌和腺癌僅在顯微鏡下無法區分，需要借助免疫組化區分。此外，可以通過免疫組化方法判斷PD-L1的表達情況，從而確定是否需要用免疫治療。