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糞菌移植的移植途徑主要包括有以下幾種： 1、經過中消化道移植途徑，可以通過胃鏡下噴灑糞菌或者胃鏡下留置鼻空腸管等方式進行中消化道移植； 2、經過下消化道移植方式，包括有灌腸以及腸鏡噴灑糞菌或者腸鏡下留置置管，再進行注入糞菌途徑； 3、口服糞菌膠囊。 總共三個途徑，選擇哪一種移植方式，主要根據患者的個體化情況、患者疾病的特點以及發病部位，另外尊重患者意愿，因為有些病人并不是很接受經過中消化道移植途徑。