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對于乳腺癌靶向治療，現在最常見的是HER-2基因。在乳腺癌，HER-2擴增表達的乳腺癌，在所有乳腺癌患者中占30%，即在所有乳腺癌患者中，有30%需要做抗HER-2靶向治療。 除HER-2基因外，ER和PR即雌激素受體和孕激素受體，如果是陽性表達，給患者做針對于雌激素受體表達的靶向治療，即內分泌治療。因為有明確的基因表達，也是對蛋白做針對性的治療，所以也應納入到靶向治療的范疇，而不僅是抗HER-2的靶向治療。 但不管抗HER-2治療，還是針對ER、PR的內分泌治療，均需經過明確的檢測是陽性表達才能進行治療。