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乙型腦炎病毒是一種人畜共患的自然疫源性病毒，約有60種動物可感染乙腦病毒，是本病在自然界中的動物宿主，而豬是導致人感染最重要的傳染源。豬感染乙腦病毒3-5天可發生病毒血癥，人被攜帶乙腦病毒的蚊子叮咬之后而導致感染。 蚊蟲除了作為傳播媒介外，也是病毒的主要宿主。現已證實庫蚊、依蚊和按蚊的某些種類及三帶喙庫蚊是本病的主要傳播媒介。所以要加強疫苗的廣泛接種，大幅度減少乙腦病例，是預防和控制乙腦流行最有效的策略。同時在乙腦季節大力開展滅蚊行動，使用驅蚊劑或穿淺色長袖衣服，住所安裝紗門和紗窗，避免蚊蟲入內，均可減少乙腦的發生。