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細菌內毒素和外毒素的區別，在于它們的來源、釋放方式、化學組成、穩定性和抗原、毒性作用等都不同。1、來源：外毒素來源于革蘭氏陽性菌和少數的革蘭氏陰性菌，而內毒素來源于革蘭氏陰性菌；2、釋放方式：外毒素由活細菌釋放至細菌體外，內毒素為細菌細胞壁結構的成分，在細菌崩解之后才會釋放；3、化學組成：外毒素主要是蛋白質成分，而內毒素主要是磷脂、多糖、蛋白質復合物；4、穩定性和抗原性：外毒素不穩定，60℃以上能迅速被破壞，抗原性強；而內毒素比較耐熱，60℃耐受可以達到數小時，但是抗原性比較；5、毒性作用：外毒素的毒性強，即使是微量即可以對實驗動物有致死的作用，各種外毒素有選擇作用，可以引起特殊的改變，抑制蛋白質的合成，具有細胞毒性、神經毒性等。內毒素毒性比較弱，對實驗動物致死的作用量比外毒素要大，各種細菌內毒素的毒性作用大致相同，可以引起發熱、彌散性血管內凝血等。