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巧克力囊腫的原因到目前為止還沒有完全明確，主要原因涉及到機體免疫功能、遺傳、環境等因素。主要學說包括以下幾種： 1、經血逆流種植學說：月經血會經過輸卵管逆流到盆腔里，經血里有一些細胞在盆腔里扎根、發芽、生長，形成了子宮內膜異位癥，經血逆流是比較主流的學說； 2、體腔上皮化生學說：化生是一種醫學術語，即正常細胞向另一種細胞轉化。體腔上皮是由于間皮組成，但是這種間皮如果向上皮發展會形成子宮內膜異位癥； 3、免疫缺陷：會導致經血中的細胞適合于種植，也是原因之一； 4、對于遠處盆腔以外部位的子宮內膜異位癥，是一種淋巴或者血行轉移學說。子宮內膜細胞經過經血或經過血液、淋巴液轉移到盆腔以外部位，生根、生長形成腹腔遠處內膜異位癥，發生轉移。 有一些因素會促進內膜異位癥發生和發展，月經持續時間長的婦女，容易患內膜異位癥，比如初潮早、絕經晚，體內長期雌激素刺激，此類女性容易患子宮內膜異位癥。正常情況下月經經陰道排出，如果陰道局部或者生殖道有梗阻的病人，經血不能夠通過陰道流出而逆流到盆腔和腹腔，這些病人也容易患子宮內膜異位癥。有一些免疫系統的疾病，不能有效清除盆腔和腹腔逆流經血，病人也容易患子宮內膜異位癥。巧克力囊腫是子宮內膜異位癥最重要的一種表現形式，也是臨床醫生處理最多的子宮內膜異位癥的類型。