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磁共振檢查一次可以檢查兩個部位，甚至可以檢查3-4個及更多部位。因為磁共振檢查是無輻射綠色環保檢查方法，并不受到檢查次數或者檢查間隔時間、檢查部位的限制。 磁共振檢查主要應用于中樞神經系統、消化系統、盆腔、泌尿生殖系統和骨關節系統的檢查，比如腦梗死、腦出血、腦血管畸形，此時患者往往會進行頭顱磁共振平掃加頭顱腦血管成像檢查。比如對于腹部膽管結石患者往往會進行上腹部磁共振檢查加胰膽管水成像，此時需要兩個部位及以上的檢查。在檢查過程中，先要跟磁共振室的工作人員說明自己的狀態，比如患者有沒有心臟起搏器、動脈瘤夾、鈦夾、胰島素泵等，這些都會影響到檢查的安全性。 在做磁共振檢查時，比如要做頭部磁共振檢查，再做膝關節磁共振檢查，可能會安排患者先進行頭部檢查，緊接著會更換線圈，帶上膝關節線圈進行膝關節磁共振檢查。其實雖然是兩個部位，并不是同時進行檢查，而是有先有后的進行檢查，所以磁共振檢查作為大型醫療檢查的費用比較高昂，如果要是做兩個部位或兩個部位以上的磁共振檢查分部位進行收費，所以收費價格也會在基礎上進行翻倍。患者要根據自己的病情需要，聽從臨床醫生的指導進行檢查。