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肺炎支原體感染一般相對療程要比細菌感染療程長，因為細菌感染一般是2周療程，支原體感染一般需要3周療程。支原體治療療程長短與機體狀態有一定關系。比較年輕、沒有基礎疾病、平時狀況較好的患者，療程要相對較短。如果年齡較大、基礎疾病較多、自身免疫狀況差，療程也許會更長，但一般療程需要3周。而且支原體感染治療使用大環內酯藥物，可能有耐藥性，這樣也會影響療程。如果感染支原體本身耐大環內酯類藥物，如紅霉素、羅紅霉素、阿奇霉素等，則療程會更長。 如果是18歲之下的耐藥患者則只能用四環素類，不能用喹諾酮類藥物。對于18歲以上的患者如果大環內酯類耐藥支原體感染可以選擇喹諾酮類，如使用左氧氟沙星、莫西沙星進行治療。所以療程長短需觀察患者年齡大小、基礎疾病狀態、感染病原體是耐藥菌還是敏感菌。