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臨床中對于1/3已確診肝癌的人群，會表現為甲胎蛋白正常。雖然甲胎蛋白作為肝癌較重要的腫瘤標志物，但處于正常范圍時，也不能排除肝癌的診斷。 對于原發性肝細胞肝癌的患者，約2/3的人群會出現甲胎蛋白顯著升高，通常是由于合成甲胎蛋白的腫瘤細胞將該物質釋放入血液所致，且數值越高，則提示腫瘤負荷越重。 另外1/3的肝癌患者，甲胎蛋白的水平位于正常范圍，則提示腫瘤細胞不合成甲胎蛋白。 因此，甲胎蛋白正常與否，對于診斷肝癌的意義較小，即不能夠依靠甲胎蛋白水平的高低而確診和排除肝癌，建議結合影像學檢查，必要時進行病理學檢查即可確診。