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奧硝唑片和甲硝唑片雖然均屬于抗厭氧菌的藥物，但是時間不同，口服生物利用度、藥代動力學方面也有一定區別，兩種藥的療效和有效預期濃度也有一定區別。甲硝唑屬于一代抗厭氧菌藥物，研發時間較早。隨著研究進展，陸續開發二代抗厭氧菌藥物、三代抗厭氧菌藥物，奧硝唑屬于三代抗厭氧菌藥物。奧硝唑相比甲硝唑也有優勢，比如口服生物利用度較好，但奧硝唑的血漿半衰期較長，大概14個小時，而甲硝唑的血漿半衰期較短，大概為8個小時。半衰期長的優點是可以每天減少使用次數，服用次數越少，病人依從性會更好，可以減少遺忘次數。從臨床療效上，奧硝唑的療效也比甲硝唑略好。