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不同組織器官進行磁共振檢查所需時間不同，如進行頭顱磁共振檢查，通常為15-20分鐘。如果進行乳腺磁共振檢查通常為一小時，進行心臟磁共振檢查是1-1.5小時。 核磁共振成像非常復雜，主要為磁場成像，有信號采集。而采集信號可用到很多方法，有各種序列，常提到的有自旋回波序列、梯度回波序列，有時需用到壓脂序列，還有自由水抑制、短時反轉恢復序列，很多序列。部分患者還需做增強，而進行增強檢查注射藥物也需一定時間，故籠統來說，核磁共振所需時間相對較長。