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類風濕關節炎的發病機制還不是完全的清楚，但是目前病因為免疫機制的紊亂。在內因的基礎下，患者朋友有一些免疫學遺傳表型是陽性，比如HLA-DR式是相對明確的內因基礎。外因的環境，比如感染，EB病毒或其他病毒的感染，會誘發體液免疫和細胞免疫的異常，就會產生類風濕因子、抗CCP等多種的自身抗體，所以免疫學異常是類風濕關節炎最重要的發病機制。體液免疫異常就會產生類風濕因子等很多自身抗體。產生APF抗核周因子、AKA抗角蛋白抗體、抗CCP抗體，以及抗MCV，即抗突變型的瓜氨酸蛋白抗體等。