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顱腦磁共振因其具有非損傷性，具有多平面成像和對流動敏感的特點，已成為研究腦脊液生理病理的理想手段。一般嬰兒腦積水磁共振主要表現為腦室系統擴大、腦室旁水腫、皮質變薄、周圍腦組織受壓等，運用磁共振門控電影相位對比序列，對阻塞性腦積水、正壓性腦積水、交通性腦積水等疾病的腦脊液進行定量測定，對其病理、發病機制有更深的認識。磁共振對腦脊液循環障礙疾病的腦脊液流動情況能精確的定量測定，顯示不同特征，明確臨床診斷。利用磁共振對腦室分流前后的交通性腦積水進行定量分析，能估計其術后效果，對臨床治療有一定的指導意義。腦積水的患兒，其磁共振的影像也有所改變，特殊強調的是部分孕期胎兒腦積水，可提前做胎兒磁共振，從而發現胎兒腦室的大小以及腦組織有無異常結構，進而對胎兒是否能夠出生，或出生后的治療有一定的指導意義。