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試管嬰兒進行胚胎移植，但是胚胎不著床，主要原因包括胚胎原因、子宮內膜原因，還有內分泌原因，具體如下：1、胚胎原因：常見的是胚胎質量差，或者因為只是實驗室工作人員進行形態學評分，看不出來是不是存在染色體異常。所以評分評出來的優質胚胎或可利用胚胎，不一定是一個完全正常的核型胚胎。如果存在染色體問題，本身就不能進行種植或進一步生長；2、子宮內膜原因：如果從女性的子宮內膜情況，子宮內膜如種地時的土壤，如果子宮內膜厚度偏薄或子宮內膜形態不好，也可能會影響胚胎種植。即使是好胚胎，沒有遇到好的內膜也會影響種植和著床。還有一些女性子宮內膜厚度通過B超檢查還可以，且形態看著也可以，但是存在慢性子宮內膜炎。只能通過做宮腔鏡，取部分子宮內膜進行活檢以明確診斷；3、內分泌原因：還有就是女性內分泌情況不適合當時進行移植，或者是對胚胎排斥，可能會造成反復種植失敗。