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瘧原蟲進入人體之后，首先在肝臟進行寄生，并進行裂體增殖。經過一段時間之后，就會釋放到血液中，進入紅細胞，進行裂體增殖，然后破碎紅細胞，釋放出裂殖子，進一步再侵入到另一批紅細胞，產生相應的臨床癥狀。另外瘧原蟲在體內繁殖到一定時間之后，會在血管內皮細胞里面，進行定殖。在這樣的情況下，以至于在肝、脾、骨髓都可以查見瘧原蟲。所以瘧原蟲在人體，主要在肝臟紅細胞和肝、脾、骨髓主要的臟器中進行存活。由于瘧原蟲在肝臟中的寄生，也就是間日瘧和卵形瘧所形成的休眠狀態，將來有復發的可能。這也就是一旦確診患者患的是間日瘧或者卵形瘧，在治療完紅細胞內的瘧原蟲之后，一定要針對肝細胞內的瘧原蟲進行根治性治療。另外其他在紅細胞內的瘧原蟲，一旦在血涂片里面發現瘧原蟲，進行確診，要選擇以青蒿素為主的復方制劑，針對紅細胞的瘧原蟲及時殺死。只有體內的瘧原蟲被完全殺死，沉積在這些內皮細胞，包括肝、脾、骨髓中可見的瘧原蟲，也都可以被完全殺死，然后達到治療的效果。