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幽門螺桿菌的檢查方法有多種，主要如下：1、非侵入性：碳13和碳14呼吸試驗、抽血查幽門螺桿菌抗體以及查糞便的抗原等，都屬于非侵入性的檢查；2、侵入性：可在胃鏡下取胃黏膜組織做快速尿素酶試驗，或是取胃黏膜組織做幽門螺桿菌的培養。也可以取胃黏膜組織做病理，在病理下觀察有沒有幽門螺桿菌以及做PCR檢查，以上都是屬于侵入性的檢查方法。部分患者沒有感染過幽門螺桿菌，而且沒有特殊的癥狀，只是進行體檢的篩查，可以選擇非侵入性的檢查方法。若是根除幽門螺桿菌后，再次感染或是根除失敗，可以選擇在內鏡下夾取胃黏膜組織，進行幽門螺桿菌的培養和進行藥物敏感試驗。可根據藥物敏感性試驗，選擇根除幽門螺桿菌的藥物。在臨床中，根除幽門螺桿菌病之后，通常會選擇碳13或碳14的呼氣試驗進行復查，而不選擇幽門螺桿菌的抗體。因為如果既往感染過幽門螺桿菌，抗體會呈陽性，即使進行根除治療，患者血液中的抗體仍然會體內存留相當長時間，此時查抗體仍是陽性，并不能提示是否根除了幽門螺桿菌。