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真性菌尿診斷標準為尿細菌培養，尤其清潔的中段尿經細菌培養后，如果是大腸埃希菌且菌落計數>105，即可診斷為真性菌尿。若通過2次不同時間段的細菌培養，培養出的細菌是同一個菌種且計數均>105，即可診斷為真性菌尿，女性患者清潔中段尿中大腸埃希菌>105，對尿路感染診斷的準確率>90%，若男性患者>105也可診斷為真性菌尿。男性患者>104存在尿路感染的可能，若培養出來的細菌是球菌，且菌數>104可診斷為真性菌尿。正常人尿液呈現無菌，因此做尿細菌培養時應盡可能避免或防止尿液被細菌污染，一旦被細菌污染，得到結果可能不準確，因此在收集標本時應注意充分消毒。女性患者需充分使用肥皂水沖洗外陰或尿道外口，同時使用碘伏或新潔爾滅充分消毒，消毒后用棉簽或無菌紗布將尿道外口擦拭干凈，再留取10-15mL的清潔中段尿作為細菌培養的尿液。男性患者需充分翻開包皮，充分消毒和沖洗后再留取尿液。經過細菌培養，若菌種計數>105，女性若為大腸埃希菌即可診斷為真性菌尿，男性若為球菌>104也可診斷為真性菌尿。