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全身磁共振檢查應用較為廣泛，可以檢查全身各部位，通常依據臨床需要進行相應檢查。該檢查優勢在于對軟組織分辨率高，無射線輻射損傷，具體檢查部位需要取決于疾病。 常見腦血管病變可以行顱腦磁共振檢查，懷疑腰間盤是否突出，以及脊髓是否存在異常，可以行頸、胸、腰椎磁共振檢查。懷疑關節異常，可以進行膝關節、髖關節、踝關節磁共振檢查。懷疑腹部實質性器官，可以行肝、膽、胰、脾、雙腎磁共振檢查。懷疑生殖器官異常，可以行女性子宮或男性前列腺檢查等。