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肝內膽管結石形成的原因，醫學上并沒有特別統一和明確的說法，目前認為常見的原因有以下幾個大類：1、遺傳和發育相關：肝內膽管就像樹的樹根一樣密密麻麻，分支非常多，可能在發育的過程中，某一只細小的膽管在發育過程中成角比較大，這時膽汁流通相對不太順暢，這時可能成角的位置容易在膽汁滯留后形成小結石。在臨床也發現可能有遺傳相關因素，就是家里的父輩、母輩、父母肝內膽管結石形成幾率高，可能孩子的幾率相對也高，但具體因素并不是特別清楚，可能和遺傳、發育相關；2、感染：感染的原因很多，可以是膽管的細菌感染或者是寄生蟲感染，或者是因為某些原因引起的小損傷等。感染后組織可能會出現壞死，壞死以后，機體在修復的過程中鈣鹽會沉積到里面，而形成一些非常小的鈣化灶；3、其他原因：如飲食、生活習慣，或者地域、水的質量相關，可能有些地方高脂飲食、膽固醇的攝入含量比較高，可能膽汁的成分相對會失衡，和肝外膽管結石、膽囊結石形成的因素非常相似，和飲食、水質可能相關。