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引起上呼吸道感染最常見的細菌是溶血性鏈球菌，它是口腔的定植菌，除溶血性鏈球菌之外，引起上呼吸道感染的細菌，還可以有肺炎鏈球菌、流感嗜血桿菌、葡萄球菌等，偶爾可以見到革蘭氏陰性桿菌。引起上呼吸道感染的病原菌中，細菌只占20%-30%，70%-80%的上呼吸道感染由病毒感染引起。引起上呼吸道感染的病毒可以達到兩百多種，較常見的有鼻病毒、腺病毒、流感、副流感病毒、呼吸道殼孢病毒、柯薩奇病毒等，接觸病原體并不一定致病，與人群的易感性、接觸的病原體數量有關，在一定的誘因下，如淋雨、受涼、過度勞累，都可以使呼吸道的局部免疫力下降，就會給病原體的增殖提供有利的機會。