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大便常規可以用于消化道系統疾病的檢驗，一般包括大便顏色、性狀、細胞，例如白細胞、紅細胞、巨噬細胞、寄生蟲、糞便潛血等。糞便潛血試驗是消化道惡性腫瘤的過篩試驗，大便標本一般采集手指頭大小的新鮮糞便，盡可能挑取有黏液、膿血等異常成分的糞便，放入清潔、干燥、沒有吸水性的有蓋容器中，盡快送檢。 外觀無異常的大便應該在糞便內外多點取樣，黏液便常提示腸道炎癥，鮮血便提示下消化道出血，柏油樣便提示上消化道出血，膿血便常見于細菌性痢疾、阿米巴痢疾、結直腸癌等。大便鏡檢中白細胞增多提示腸道炎癥的發生，如果發現巨噬細胞常提示是細菌性痢疾。大便潛血陽性提示消化道存在出血，連續檢測陽性要特別警惕是否存在消化道惡性腫瘤的情況。