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肝癌診斷是系統性問題，診斷肝癌最主要的是觀察有無肝臟原發病，也就是患者有無肝硬化的病史；除此之外還需檢測腫瘤標志物，甲胎蛋白是肝癌非常敏感的腫瘤標志物，對于膽管細胞癌更有相應的腫瘤標志物，包括其它罕見的肝癌類型也有相應的腫瘤標志物。接下來需要進行兩種以上的影像學檢查，目前比較敏感的、常用的是肝臟核磁共振，權威性比較強。但在早期肝癌篩查中，通過肝臟超聲就能發現1cm以上的腫瘤，如果進行詳細分析，可能需要進行PET-CT檢查。 總而言之，臨床上規范的診斷過程需要結合患者原發病病史、腫瘤標志物特點、影像學檢查診斷肝癌。但如果要取得肝癌最終的診斷依據，必須進行肝穿刺活檢，取得腫瘤組織，由病理科醫生進行相應染色，最終取得病理診斷和基因診斷結果。