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肺炎衣原體有研究表明，在40%的人群中已經受到過肺炎衣原體的感染，是亞臨床感染。亞臨床感染是指有過衣原體的感染，但是并沒有癥狀，部分人也可以檢測到肺炎衣原體陽性，因為可以檢測到抗原陽性或培養后陽性，也可以使PCR檢測到核酸陽性，查血可能是抗體陽性。 有部分人感染以后，可以表現有呼吸系統的部分癥狀，典型的癥狀是陣發性痙攣性的咳嗽，可以伴有咳痰或全身感染的癥狀，如發熱、無力等。