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患者在住院治療時應根據自身疾病情況，以及做支氣管鏡的作用，詳細咨詢醫生后再決定是否有必要進行支氣管鏡檢查。通常患者做支氣管鏡，是從口腔或鼻腔放入軟鏡，直接進入氣管，再進入支氣管，在下一級支氣管取部分組織進行組織活檢，有助于尋找肺癌、肺結核的病因。感染性疾病比如肺炎、支氣管炎、真菌感染、病毒感染，可以取得病原體涂片后，通過肺泡灌洗方式，檢查真菌和細菌，因為灌洗液可以做培養，觀察可培養出哪些細菌。另外患者還可做NGS即第二代基因測序，從基因角度檢查是否出現病原體感染，此時有必要做氣管鏡檢查。如果患者沒有咳痰能力，大量痰液積聚在肺部，做氣管鏡可直接抽取痰液，使呼吸道通暢。部分患者反復感染后形成痰栓，堵住支氣管，可使用水通過氣管鏡沖洗吸出痰栓，或直接使用鉗子取出痰栓。患者嗆入食物和異物，也可以通過氣管鏡取出異物，如果腫瘤長入氣管，可通過氣管鏡清除，包括氬氣刀、電刀等各種工具，從而疏通呼吸道，挽救患者生命。