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蝙蝠是不是傳染源還是未知數。目前通過流行病學調查以及病毒學專家調查研究，發現蝙蝠體內大概含有200多種人類還沒有接觸過的冠狀病毒。通過2019年年底對華南海鮮市場的調查，發現該市場在出售蝙蝠、穿山甲、果子貍等野生動物，該市場有人群感染了新型冠狀病毒肺炎，但還沒有得到直接證據證明蝙蝠能夠直接將病毒傳染給人，之后人再獲得肺炎表現。 目前除了武漢華南市場在出售蝙蝠以外，其他國家其它地區包括國外很多地區也有銷售蝙蝠的情況，但并沒有發現有新型冠狀病毒肺炎感染的人群或疑似病例的報告。從體內檢測出來這種病毒，這種病毒是否能通過蝙蝠傳播給人，還需要科學家和病毒學家做進一步調查和分析，最終給世人明確的結論。