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幽門螺桿菌的檢測方法較多，根據是否有創分為有創與無創，無創的分為侵入性與非侵入性。侵入性的檢查是通過胃鏡檢查并取材，用取下的組織進行快速尿素酶試驗、細菌培養及組織檢查等。細菌培養比較繁瑣，培養有一定的時間性，培養的難度也較大，一般耐藥或者做研究時才會用細菌培養。在臨床工作中尿素酶試驗相對方便。常用的非侵入性檢查就是呼氣試驗，可以做碳13及碳14標記的呼氣試驗。另外，還有糞便的抗原檢測及血清學檢測。 在臨床工作中選用哪種檢查方法來診斷是否有幽門螺桿菌感染，要根據患者的狀態以及檢查的目的來選擇。幽門螺桿菌的碳13、碳14呼氣試驗在臨床上用的較多，因為它簡單、易行，復查也比較方便，尤其是很多患者在前期可能做過胃鏡及呼氣試驗，知道胃里有幽門螺桿菌，經過治療以后停藥4周就可以再做呼氣試驗來判斷是否根除成功，但是有些特殊患者不僅要做呼氣試驗來檢測是否有幽門螺桿菌，同時可能還要復查胃鏡來了解胃里的情況。