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通常病人取痰液標本多采用咳痰的方法，即病人自咳。在自咳時標本會不可避免地經過病人的口腔和咽部，可被正常菌群污染。所以留取痰液標本之前，病人應該用無菌生理鹽水漱口。通常建議病人多漱口幾次，不要低于3次。而且漱口的時候盡量仰頭漱口，這樣效果更佳，也可以將咽部的定植菌去除，然后用力咳出深部的痰液。 病人應咳出深部的痰液，即感覺痰液從下呼吸道排出，切不可隨意留唾液或鼻后分泌物進行痰液送檢。有些病人不能夠自主咳痰，如住院病人，建議護理人員用吸痰器進行吸痰并送檢。