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兒童可以進行核酸檢測，核酸檢測是明確常用檢測新型冠狀病毒感染的方法，但其他病毒如流感病毒、呼吸道合胞病毒、腺病毒等，也可以進行核酸檢測。核酸檢測方法通常是采用鼻咽拭子進行取樣，取樣方法較簡單，而且無損傷、無害。部分兒童可能咽部比較敏感，取樣時會出現惡心、想吐現象。常規情況下如果取樣比較標準，即可獲得足夠的樣本量，對于特殊疾病，如流感病毒、新型冠狀病毒，可能在鼻部分泌物的陽性率高于咽部分泌物。