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大部分情況下通過CT檢查，可以發現患者體內各種器官的腫塊，但不能發現所有的腫瘤。如血液系統腫瘤存在血液內，主要依賴于血液學檢查，以及骨髓的穿刺細胞學或者骨髓的活檢檢查，才能明確診斷。另外還有部分黏膜表面的腫瘤，如胃腸道的黏膜潰瘍等，通過CT檢查可能也不一定能發現。同時體內部分解剖部位在CT檢查中顯示較模糊，即分辨率較低，對于較多偏小的或者早期的腫瘤，可能也難以發現。通常CT檢查比較適合肺臟器官，比如較多小的肺部結節，可以通過高分辨率的CT檢查發現。但是對于其他的組織，如腦組織，如果進行CT檢查可能分辨率不夠，可能不能發現。尤其在進行平掃CT檢查時，可能不能發現小的或者不明顯的腦部腫瘤，需要結合其他的影像進行判斷。所以不同的部位可以選擇不同的影像，如在頭頸部常用磁共振檢查，而在全身檢查時，為發現其他部的是否出現轉移，可能建議患者做全身的PET-CT的掃描等影像檢查。