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肺膿腫治療周期相對比較長，目前臨床大約需治療6-8周。因為肺膿腫是化膿性壞死性炎癥，肺組織可以產生膿腔，膿腔也是一種肺部感染性疾病。此時感染的病原菌可以是厭氧菌，如金黃色葡萄球菌、銅綠假單胞菌或者肺炎克雷伯桿菌。可以通過呼吸道吸入感染，也可以是血液感染。細菌對肺組織造成慢性化膿性空腔或者空洞，稱為肺膿腫。 一般厭氧菌即金黃色葡萄球菌、銅綠假單胞菌、肺炎克雷伯桿菌引起化膿性感染，常規要使用抗生素，進行抗感染治療。要采取積極引流，若膿腔很大的情況可以考慮胸外科膿液引流，或者到胸外科做胸壁引流，做氣管鏡也可以把痰液、膿液吸出。總體治療療程比較長，用抗生素的時間也比較長，原則上需要1-2個月。口服抗生素到復查胸片或者肺部CT，空洞消失或者炎癥消失，僅留下纖維化殘留后，可以考慮停用抗生素。