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肝穿刺主要用于肝臟疾病的診斷、臨床分期以及肝臟腫瘤定性，某些慢性肝炎患者具體病因不明時，可以通過肝穿刺來明確導致肝損傷的原因。肝臟疾病發展到一定階段會表現為肝纖維化，甚至肝硬化，在慢性病毒性肝炎、自身免疫性肝病等，肝穿刺可以用來判斷疾病發展到哪種階段，以及藥物治療是否有效，對于患者的預后和遠期生存也有一定的預測價值。肝臟腫瘤是屬于肝臟占位性疾病，肝臟腫瘤無法通過影像學確診時，也有必要通過肝穿刺活檢來獲得病理學診斷的依據。對于晚期的肝癌患者，如果需要進行介入治療、靶向治療或者免疫治療等，必要時可以通過肝穿刺來取得組織，通過進一步基因檢測來進行藥物篩選。對于某些特殊的疾病患者，如肝臟移植，移植后有可能會出現排斥反應、藥物性肝損傷，或者某些不明原因黃疸等，也可以通過肝穿刺來獲得疾病診斷，并用于指導藥物治療。