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兒童骨腫瘤是一類疾病的總稱，其中包含惡性腫瘤和良性腫瘤。目前并非對所有類型骨腫瘤的病因都非常清楚。部分兒童骨腫瘤由遺傳基因導致，具有一定的遺傳性，如多發性的骨軟骨瘤帶有一定的遺傳性，由染色體上的兩個基因突變導致；部分兒童骨腫瘤的病因更加復雜，如兒童骨肉瘤的病因雖然也是基因突變，但是基因突變位點和具體機理目前還不是特別明確。 綜上，兒童骨腫瘤基本都是由基因改變導致的良性或者惡性的病變。