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目前肺結核的診斷主要依靠胸部影像學、痰結核菌檢查等來綜合考慮，痰結核菌檢查常用的有痰涂片和痰培養。痰涂片快速、經濟，廣泛應用于肺結核的篩查；痰培養更準確、靈敏，但耗時長，費用貴。痰結核菌檢查對象是咳嗽、咳痰≥3周或有咯血、血痰癥狀以及胸片異常者。初檢者應留3份痰標本，夜間痰、清晨痰和即時痰。如無夜間痰，在留清晨痰后2-3小時再留取一份痰標本，痰標本的容器到專門的醫療機構領取，不能立即做涂片檢查的痰標本，須置4℃冰箱保存，防止痰液干涸或污染。 肺結核的痰涂片檢查時，挑取部分痰液在玻片上涂抹成痰膜，使用抗酸染色，在顯微鏡下查找抗酸桿菌，連續觀察300個不同視野，未發現抗酸桿菌，為抗酸桿菌陰性。若有抗酸桿菌，根據視野內抗酸桿菌的數量分為抗酸桿菌可疑、抗酸桿菌陽性（1+）、抗酸桿菌陽性（2+）、抗酸桿菌陽性（3+）和抗酸桿菌陽性（4+）。痰菌的多少、有無，直接關系到病情的轉歸。