胡黃連與黃連，名稱相似，且均為苦寒清熱燥濕之品，善除胃腸濕熱，同為治濕熱瀉痢之良藥。然胡黃連善退虛熱，除疳熱;而黃連則善清心火，瀉胃火，為解毒要藥。

胡黃連的藥用附方

1、治肥疳熱：川黃連五錢，胡黃連五餞，朱砂一錢(另研)。上二物為細末，入朱砂末，都填入豬膽內，用淡漿水煮，以杖于銚子上用線釣之，勿著底，候一炊久取出，研入蘆薈、麝香各一分，飯和丸如麻子大。每服五、七丸至二、三十丸，米飲下，食后。(《小兒藥證直訣》胡黃連丸)

2、治吐血、衄血：生地黃、胡黃連各等分。上為末，用豬膽汁為丸如梧桐子大。每服五十丸，臨臥煎茅花湯送下。(《普濟方》胡黃連散)

3、治小兒疳熱，肚脹，潮熱，發焦：胡黃連五錢，靈脂一兩。為末，雄豬膽汁和丸綠豆大。米飲服，每服一、二十丸。(《全幼心鑒》)

4、治傷寒勞復身熱，大小便赤如血色者：胡黃連一兩，山梔子二兩(去皮，入蜜半兩拌和，炒令微焦)。二味搗羅為末，豬膽汁和丸如梧桐子大。每服用生姜二片，烏梅一個，童子小便三合，漫半日，去滓，食后暖小便令溫下十丸，臨臥再服。(《本草圖經》)

5、治痢血：胡黃連、烏梅肉、灶下土等分。為末。臘茶清調下，食前、空腹溫服。(《蘇沈良方》三物散)

6、治小兒盜汗，潮熱往來：胡黃連，柴胡等分。羅極細，煉蜜和丸如雞頭大。每服二丸至三丸，銀器中用酒少許化開，更入水五分，重湯煮三二十沸，放溫，食后和滓服。(孫用和)

7、治熱痢腹痛：胡黃連末，飯丸梧子大。每米湯下三十丸。(《鮮于樞鉤玄》)

8、治嬰兒赤目：茶調胡黃連末，涂手足心。(《濟急仙方》)

9、治痔瘡疼腫，不可忍者：胡黃連末，鵝膽汁調涂之。(《孫天仁集效方》)

10、治楊梅瘡毒：胡黃連、豬胰同煮服。(《本草求原》)