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肝癌的絕大部分患者做B超時發現肝臟包塊，才發現是肝癌，也有一部分人通過體檢時檢查甲胎蛋白，英文又稱為AFP，發現AFP顯著升高后進一步行影像學檢查，才發現肝臟腫瘤。肝臟檢查依賴于影像學檢查，比較簡便的是B超，對身體傷害較小、操作簡單，所以高危病人，尤其是乙肝病人，建議最少每年做一次肝臟超聲檢查。但超聲檢查也有缺點，主觀性相對較大，鑒別良惡性的效率較低。行B超檢查時，如果在肝臟上發現可能是腫瘤的包塊，建議病人進一步行肝臟CT，或肝臟磁共振檢查，能清晰顯示腫瘤大小、侵犯范圍以及惡性的可能性。所有的影像學檢查都是間接檢查方式，只能提示肝癌的概率，不能提供確診肝癌的肯定依據，最終確診肝癌的檢查手段是穿刺活檢。可以做穿刺，或有些高度懷疑肝癌的病人，通過手術取到腫瘤組織中的標本，送到病理科，由病理科醫生在顯微鏡下觀察，如果發現惡性腫瘤細胞或癌細胞，此時可能下達肝細胞癌的診斷，才是確診肝癌的金標準。