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腸道益生菌的主要作用是為胃腸道提供有益菌，重建腸道的正常菌群，在臨床上以治療腹瀉為主。對于輕度便秘的病人也可以應用腸道益生菌，能夠得到緩解的作用。腸道菌群是有益菌和致病菌共生的狀態，是動態的平衡狀態。如果平衡狀態被打破，有益菌減少、致病菌增多，臨床上會出現菌群失調的表現，主要表現為腹痛、腹瀉。菌群失調是比例的改變，還是由于菌群一倍改變，甚至在有免疫力低下出現急性感染的狀態，腸道菌群失調的臨床表現會出現不同。在臨床中益生菌主要是治療由于腸道菌失調，所出現的腹瀉的癥狀，通過重建腸道菌群達到正常的菌群狀態。可以為保護腸黏膜提供腸道有益的物質，像維生素、礦物質等。輕度便秘的病人可能會出現菌群的失調，出現粗纖維食物的減少，在補充腸道益生菌之后，可以治療輕度便秘的病人。