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乙肝患者使用干擾素后的轉陰的時間并不確定，根據個體不同而不同。因為轉陰涉及HBV-DNA的陰轉，即DNA從陽性轉成陰性，以及e抗原的陰轉。在e抗原陰轉后，且產生e抗體，稱為e抗原的血清學轉換。還有表面抗原的陰轉，能夠達到表面抗原的陰轉，甚至是表面抗體的產生，此時乙肝就稱為臨床治愈。若個體HBV-DNA的滴度相對較高，如108IU/m左右，與HBV-DNA是105IU/m的人相比較，陰轉幾率相對較低，所花的時間相對較長，甚至部分患者應用干擾素過程，亦不能夠完全轉陰。以及e抗原的陰轉和表面抗原的陰轉，若想達到轉陰，爭取能夠優選部分人群，如e抗原滴度相對較低的狀態下，還有表面抗原相對亦較低的狀態下，如表面抗原＜1500IU/ml的患者，應用干擾素治療，陰轉幾率相對較大。此外可先用口服的核苷類藥物進行治療，達到治療標準后，再應用干擾素治療，才有可能能夠轉陰。