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幽門螺桿菌可引起胃腸道相關疾病，如慢性胃炎、急性胃炎、胃潰瘍和消化性潰瘍。國際衛生組織將幽門螺桿菌作為第一類致癌因子，可引起胃黏膜相關組織淋巴瘤，即MALT淋巴瘤。幽門螺桿菌感染，尤其十二指腸球部潰瘍，感染率大約在90%以上，如果不根除，其年復發率大約為50%；根除幽門螺桿菌后，年復發率下降至5%。除此之外，幽門螺桿菌還可引起胃腸道外的癥狀，如冠心病、腦供血不足，甚至肝炎或其它疾病，但有待進一步定論。