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通常各種感染、微生物均可以引起膿毒癥，在膿毒癥致病菌里，革蘭氏陰性的桿菌引起膿毒癥的致病菌數量較多，但革蘭氏陽性菌也是引起膿毒癥很重要的因素。另外，真菌性膿毒癥的發生率在過去10年有所增加，也引起了臨床上的注意，但整個發生率還是低于細菌性膿毒癥。大約一半的膿毒癥患者在臨床上無法培養出微生物或致病微生物，需要臨床醫生根據患者的病史、臨床表現進行經驗性治療。