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脊索瘤治療較為困難，脊索瘤的治療，建議手術切除脊索瘤。此外也可以嘗試進行放療，但常規的普通放療，甚至伽瑪刀治療，效果微乎甚微。目前還可以進行質子重離子的放療，對脊索瘤可能會有效。脊索瘤是胚胎脊索組織殘留的組織，在人體內產生腫瘤，通常為良性腫瘤。通常良性腫瘤經過手術的完整切除，能夠得到治愈，但脊索瘤生長的部位特殊，難以得到完整切除。脊索瘤主要位于人體中線部位，在腦子中負責支撐頭顱的重要骨頭處，后方是腦干。如果在此位置做手術，手術后患者生命會受到威脅。因此脊索瘤較難做到一次性手術切除，即使是良性腫瘤也會生長、復發，需要更多次的手術進行切除。此外由于脊索瘤是良性腫瘤，對常規放療不敏感，但目前質子重離子的方法，對治療脊索瘤可能有效果。