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C13呼氣試驗和C14呼氣試驗的區別主要是使用材料不同，C14呼氣試驗有相對較弱的放射性物質，而C13呼氣試驗是較穩定的同位素，沒有放射性，所以更安全，是新一代的試劑盒。理論上，孕婦、小孩都可以使用C13呼氣試驗進行幽門螺桿菌檢測，而C14呼氣試驗在此類群體中需要禁止使用。兩者原理基本類似，通過呼吸試驗能夠判斷出體內有無幽門螺桿菌感染，這種檢查是目前使用最廣泛、最方便診斷、相對最準確，用于診斷幽門螺桿菌感染的方法。如果發現幽門螺桿菌，建議用藥物進行根除，通過根除治療，能夠防止將來出現胃潰瘍、胃癌這些病變。呼氣試驗檢測是目前比較方便、在體檢中能夠大規模推廣使用的方法，而C13呼氣試驗相對C14呼氣試驗更為安全，因此，目前多數醫院都是使用C13呼氣試驗進行檢測。