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厚薄血膜染色鏡檢的方法是檢測瘧原蟲最常用的方法，從受檢者外周血中檢出瘧原蟲是確診的最可靠依據，最好在服藥以前采血進行檢查，取外周血制作厚薄血膜，經過瑞氏染色后在鏡檢下查找瘧原蟲。薄血膜中瘧原蟲形態比較完整、典型，容易識別和鑒別蟲種，但是原蟲密度較低，容易漏檢。而厚血膜中原蟲比較集中，容易檢測到，但是在染色過程中紅細胞會溶解，原蟲形態會有所改變，蟲種鑒別比較困難。因此，最好一張玻片上同時制作厚薄兩種血膜，如果在厚血膜中查到原蟲，而鑒別有困難，可以再去檢查薄血膜。惡性瘧疾在發作開始時，間日瘧在發作后數小時及10余小時時采取能夠提高檢測率。此外，還有一些免疫學方法，包括抗原和抗體檢測、PCR分子生物學檢測技術。