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新霉素治療肝性腦病的機制，通常為抑制腸道細菌氨物質的產生，肝性腦病的發生機制比較復雜，有很多不同學說，其中一種為氨中毒學說，即肝臟功能受損后，肝不能將機體產生的血氨轉化成尿素代謝，從而血中氨物質含量升高，干擾機體的三羧酸循環，嚴重時引起肝性腦病的發生。腸道細菌為產生氨的重要途徑，因此進行肝性腦病治療時，應減少腸道氨的產生和吸收，通常會使用不被腸道吸收，但對腸道細菌有一定抑制作用的抗生素，抑制腸道細菌產氨，通常新霉素就具有這樣的作用。在肝性腦病過程中，新霉素可以抑制腸道當中的細菌產生氨，從而減少血氨的產生，繼而治療或緩解肝性腦病的情況發生。通常建議肝性腦病患者，日常生活中應限制蛋白攝入，也可有效減輕體內氨物質的產生。